この度、新しく、けん引免許と大型特殊免許を取得して免許証の書き換えに行きます

この度、新しく、けん引免許と大型特殊免許を取得して免許証の書き換えに行きます。
現在、大型一種免許を所持してますが、前回の取得後の書き換えも免許更新でも、「準中型免許5t限定に限る」の運転条件が消えてません。
上位免許が大型一種免許なので、下位の免許条件は消えると思うのですが、何か問題があるのでしょうか？

問題ありませんよ。
自分は30年以上前に普通免許を取得し
のちに大型、けん引を取りに行きました。
で中型免許が新設された以降、免許の更新に行き新しい免許証には、
普通の記載はなく中型と記され免許の条件等の所に
中型車は中型車(8t)に限るとなっています。
なので質問者さんの場合は、免許の種類は
準中型、大型、大特、けん引になっていて
免許の条件等に準中型5t限定に限るとなっていている事に
問題はありませんので、ご安心して下さい。

準中型自動車免許が新設される前（平成29年3月10日あたりでしたっけ）に大型一種を取得したでしょう？
この場合、当時の普通免許と大型免許の2つを持っていた人は、準中型新設で普通免許だけが準中型限定5ｔの免許に変わりました。
なので、今後免許の更新などをしても、準中型5ｔのままです。
大特やけん引は、普通自動車免許とは別の免許（上位・下位の関係ではない）なので、併記をしても限定5ｔは解除されません。
もしも、この先あなたが目が悪くなり、大型などの視力規程の数値に達せず、免許が更新できない場合でも、準中型限定5ｔは残ります。（限定5ｔ旧普通免許なので、準中型であっても普通免許の視力規程と同じ）

将来、目が悪くなったりして大型等を返納した場合に普通免許だけが残ります。
その時に以前の免許区分が有効になるように5トン限定や8トン限定が残ります。
消える場合は、限定解除した場合だけ？です。
私も普通免許から大型二種を取って・・・
改正後は8トン限定が残ってます。
大型二種を返納した場合に、普通免許（8トン限定）に戻るわけです。

大特とけん引なら限定は残ります。中型二種や大型二種を取得すれば５トンの限定は消えます。
条件が消えれば、元には戻せません。深視力が通らなければ現行の普通免許に格下げになります。つまり、２トン車も運転できなくなります。

準中型免許(5t限定)所持者が大型免許を取得すると、上位免許取得と言う事で下位免許の限定は解除されます。
しかし、普通免許が法改正により準中型5t限定になった時、既に大型免許を所持していた場合、準中型の5t限定は消えません。
これは法改正前は大型免許が視力等の理由で返納せざるを得なくなった時、残った普通免許で5t車まで運転可能だが、法改正後も同じ5t車まで残る様準中型5t限定が残る様になっています。
限定無しの準中型免許の適正条件は大型と同じ、準中型5t限定の適正条件は普通免許と同じです。
けん引、大型特殊は準中型の上位免許ではないので限定は外れません。
今後、中型二種又は大型二種を取得すると限定が外れてしまいます。