今度免許を取りに行きます - 顔ににきびがあるのでできること

今度免許を取りに行きます
顔ににきびがあるのでできることなら免許センターではなく、あらかじめ撮っておいた証明写真を使いたいのですが、どのタイミングで提出すればいいですか？

まず持ち込み写真がつかえるか確認したほうが良いでしょう。新規取得時には持ち込みができなかったり、普段はできるがコロナ禍で取り扱っていないことがあります。
持ち込みができるとしても、受付の方法は免許センターによって多少の差はあるので、受付で聞くのが手っ取り早いです。

そもそも、新規または併記の際に持ち込み写真が使えるかどうかは都道府県で異なります。質問者さんの住む都道府県で持ち込み写真が不可なら、方法はないので諦めましょう。各都道府県の警察のホームページに案内がされているはずですが、持ち込み写真についての記載がないなら、できないと解釈するのが妥当です。
可能な場合、本来は試験に合格した後の交付申請の際に提出すれば間に合うはずですが、一番最初の試験申請の際に提出しておく運用かも知れません。なので、最初の窓口に書類を出す時に、免許証用の写真を出すのは今ですか？、と尋ねてみればいいでしょう。

各所管の免許センターによって違うので電話で確認するのが1番ですよ。
私も持ち込みで免許証を作ったことが有りますが、電話すれば丁寧に教えてくださいます。