教習所(自動二輪)を卒業しました。 - 現在免許証(普通自動車)を持って

教習所(自動二輪)を卒業しました。
現在免許証(普通自動車)を持っていて併記をしに免許センターに行くつもりなのですが、この場合免許の更新ではなくて免許の取得になるのでしょうか？

免許の取得(受験)になります。
学科試験と技能試験が免除でも適性試験(✕適性検査)があります。

そうですね。
運転免許試験は試験場でしか出来ません。そしてその内容は「技能試験」「学科試験」「適性検査」の３つに合格して初めて免許が交付されます。
技能試験は教習所を卒業する事で免除となります。普通車免許を持っていれば学科試験も免除となります。ですが適性検査については免除となりませんので、質問者さんはこれから運転免許試験を受けに行く事になります。←結構ここのイメージを勘違いしている人が多いですね。

教習所の方からも、免許の取得（併記）と言われていると思います。

異種免許の追加を併記と言います。
HPで選ぶとしたら
”指定教習所卒業の方で学科試験免除の方”
になります。

質問者さんが書かれている通り「併記」と言う手続きで、内容は試験と交付の手続きで構成されます。「取得」か「更新」かの二択なら「取得」のほうです。Web で案内記事を探す場合は「受験」「免許の取得」などの生地を探しましょう。

＞＞この場合免許の更新ではなくて免許の取得になるのでしょうか？
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お考えの通りです。