自動車学校で、MT車の免許取得をしようとしているものです。

自動車学校で、MT車の免許取得をしようとしているものです。
高速講習は、AT車でもMT車でもどちらでもいいと言われたのですが、どちらの方がいいでしょうか？
よろしくお願い致します。

選べるなんて良いですね。自分はAT限定の人とやる予定だったからAT車でしたよ。
高速乗っちゃえばMTでもずっとギア固定だからMTらしさはあまり無いです。
違いがあるのは合流の加速。普段以上の加速をしなければなりません。
ATだと普段以上にアクセルを踏み込む。場合によってはキックダウンを経験するかもしれません。
MTだと低めのギアで普段より高回転まで回してからのシフトアップが必要となるでしょう。
どちらを経験しておきたいかですね。
自分はATでの高速教習で、免許取得から1年半は親の車とかレンタカーでATしか運転していません。それで高速も乗ってます。
その後、自分の車をNAの軽MTにしました。MTでの初高速がどうだったかは記憶に無いくらいなので、非力な車の全力加速程度なら初めてでも出来ちゃうんじゃないですかね。一般道でも流れの速い幹線道路の発進とか頑張るとそれなりに回してましたし。
中途半端なパワーの車で普段大人しく運転してると、そのままの感覚では加速が遅いかもしれません。
ハイパワーな車の場合、未知の領域に気合い入れてアクセル踏み込むと危険があるかもしれない。こちらは逆に性能を発揮するためには抑えることも重要。
教習車のAT・MTならどっちでも良いですね。
免許取って自分があまり乗らないだろうなって方を経験しとくのが良いのかな。
それか、今現在加速に不安がある方。

どっちでもいい。

折角ＭＴ取るのなら、ＭＴの方が良いと思います。

MTで取得しようとしているならMTでしょ。
ATを選択する必要はないです。

・・・どっちでも。お好きなように。

高速教習の目的は、高い速度での操作に対して、車の挙動を知る為です。
速度が速ければ速い程、確認作業は素早く、特にステアリング操作はゆっくりスムーズにしなければなりません。
速度が速いと、少しの切れ角でも車は左右に動いてしまいますからね。
速度が速いとタイヤのグリップも遅い速度より落ちてますから、ブレーキングも踏み始めはゆっくりしないとならなく、その分ブレーキングのタイミングの予測も必要になります。
MTとATの違いは、合流時にMTの方がシフト操作が必要な分、確認が疎かになったりする可能性はあります。
出来ればMTで教習受けた方が、隣に教官が居てる安心感の元に覚える事が出来るので、MTで受けられた方が良いですね。