１、69歳で普通1種と原付バイク免許を持っていますが、普通免許

１、69歳で普通1種と原付バイク免許を持っていますが、普通免許のみの返納は出来るか質問です。2、原付免許だけ持っている場合、高齢者更新はどのようになっているのか？。

普通免許のみの返納は出来ます。
原付免許はそのまま乗れます。

＞＞１、69歳で普通1種と原付バイク免許を持っていますが、普通免許のみの返納は出来るか質問です。
↑↑↑
その場合は「一部申請取消」(俗に言う格下げ)となります。
運転免許再交付手数料がかかります。
＞＞2、原付免許だけ持っている場合、高齢者更新はどのようになっているのか？。
↑↑↑
座学は他と同様、実技は指導員又は他の受講者の運転する車両に同乗するか、原付バイクを実際に用いて講習となります

一部返納は可能です。原付だけでも２時間の高齢者講習は受けなければなりません。

原付に乗る予定があるなら原付を残す必要がありますが、
原付に乗らなくて、でも免許は残したいなら、
返納時に小特だけ残すと良いです。
高齢者講習では何も乗りませんし
原付よ1時間短いし3000円～3500円ほど安い。
https://www.keishicho.metro.tokyo.jp/menkyo/koshu/koshu/over75.html

＞１、69歳で普通1種と原付バイク免許を持っていますが、普通免許のみの返納は出来るか質問です。＜
↑↑↑
原付バイクが50cc以下の原動付き自転車の事なら
普通免許のみを返納出来ます。
＞2、原付免許だけ持っている場合、高齢者更新はどのようになっているのか？。＜
↑↑↑
免許の種類に関係無く70歳以上の高齢者は更新の前に
高齢者講習を受ける義務があります。