父親に「次買う車MT車だから、ATじゃない方の免許取った方が

父親に「次買う車MT車だから、ATじゃない方の免許取った方がいいよ」と言われました。
そもそもATとMTの違いもあまりわかっておらず、周りがATで十分と言うのでATにしようと思っていたのですが、主に何が違うのでしょうか？また、MT免許をとるデメリットはあるのですか？補足私は女です

デメリットはないです。そもそもMT免許なるものは存在しません。
あるのは普通免許です。普通車のカテゴリーの全ての車を運転することができる免許です。もちろんその中にAT車も含まれます。
いわゆるAT免許では、普通車カテゴリーの中のAT車しか運転できません。
ATとMTの違いは、ギアの変換を自分で手動（MT)でやるか、コンピューター制御によって自動(AT)でやってもらうかの違いです。
MT車は前述の通りギア操作を手動でやるためAT車と比べると操作がより複雑なので慣れるまで多少時間がかかりますがやってるうちに必ず操作できるようになります。AT免許の存在（逃げ場）を頭から消して、車の運転とは初めっからこういうものなんだと思って教習すればいいだけです。
頑張って。

クラッチ操作の有無
ATよりも操作する物が多い。

MT車では自分でしなければならない事の一部をAT車は勝手にやってくれる。
と言う感じです。
他人の運転で乗せてもらう時
MT車で教習を受けた人はAT車を運転していても、車がなぜそうするのか理解して運転しているので安心できます。
ATしか運転できない人は機械に頼っているので、ちゃんと理解できているのか不安です。

手動でギアチェンジするのがMT。
自動でギアチェンジするのがAT。
運転免許には、“普通免許”と普通免許(AT限定)がある。
普通免許がベースで、普通免許はMTもATも運転出来る。
普通免許(AT限定)は、普通免許にAT車しか運転出来ない限定条件が付いた免許の事。
なのであなたのお父様がMT車を買った場合、AT限定免許ではあなたの家の車を運転出来ません。
MTで免許を取るデメリットはありません。
何故ならMTで免許取ればATも運転出来るから。
逆にAT限定免許だと、MT車を運転出来ないデメリットはある。

>MT免許をとるデメリットはあるのですか？
↑一般的にMT免許などと言われているのは限定の無い普通免許で、普通車ならATでもMTでも運転可能です。
AT限定ではATしか運転できません。
なので、免許としてMTのデメリットはありません。
取得するのにATより難しくなるのが強いて言えばデメリットですが、それとて難しいと感じる人もいれば、あっさり出来てしまう人もいるので一概には言えません。
>そもそもATとMTの違いもあまりわかっておらず、周りがATで十分と言うのでATにしようと思っていたのですが、主に何が違うのでしょうか？
↑MTは、発進にまつわる操作や、速度に応じたギヤチェンジ等を自分の手足の操作で行います。
そのため下手だとエンジンが止まったり、ギクシャクしたりしますがそこは慣れです。
ATはそれらの操作を機械がやってくれるので、アクセルとブレーキだけ操作してればとりあえず走って止まれます。
なので誰でも比較的簡単に走らせることができます。
AT車は運転の難易度が低いため、最初はAT限定免許も存在しなかったのですが、AT車の普及に合わせて途中から追加されました。
AT車しか運転しない人にはまさにそれで十分なのですが、家の車がMTとなるとAT限定免許では運転できません。
家の車を運転するならMT(限定無し)で取得する必要がありますし、AT限定で取得するなら自分専用にAT車を購入する等の必要がありますね。
周りがATで十分と言うのは、今時MT車を買う人は極めて少ないので、家の車がMTになると言う事実を想定していないからです。
家の車がMTで、あなたがそれを運転するなら周囲の方々の意見とは全く違った環境になるわけですので、周囲の方々のアドバイスは全く意味を成さないことになります。

「変速」の方法が違います。「変速機付きの自転車」に乗った事がありますでしょうか？
MT車はあの自転車のように、いちいち変速する必要があります。AT車は自動で変速してくれます。
今はほとんどがAT車ですが、かなり意外なことに40~50年前はAT車などほとんどありませんでした。
AT免許ができたのもほんの30年ほど前の事です。
MT免許を取るデメリットは、料金が3~5万円ほど高くなるのと、授業数が3回ぐらい増える事です。あと、AT免許とくらべたら確かに難易度が上がりますが、あくまでAT免許と比べたらです。
30年前にはAT免許などなく全員がMT免許だった事を考えれば、健常者なら誰でも取得できるという認識で間違いないです。
あと、最も重要なポイントとして、MT免許があればMT車もAT車も運転できますが、AT免許ではAT車しか運転できません。AT免許でMT車を運転したら無免許運転になります。