MT普通二輪の免許を取りたいのですが、 - AT普通車の免許しかあり

MT普通二輪の免許を取りたいのですが、
AT普通車の免許しかありません。
この場合MT普通者の免許を取り直しと言うことになるんでしょうか？？

別になにもしなくても取得可能ですよ。
二輪免許＝AT限定なし、普通免許＝AT限定のプラチナコンビ免許の方は大勢居ります。
勿論、これがきっかけで変速操作の魅力にドハマりしてAT限定解除に着手する方も多いですけどね。

MT普通二輪の免許を取りたいのですが、
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自動二輪も
普通自動車と同じ
無免許から取得できます。
運転免許には
・自動車（普通、準中型、中型、大型）、
・二輪（小型、普通、大型）、
・重機（大型特殊）、
・トレーラー（けん引）とあり、
二輪と自動車は別の乗り物になります。
普通自動二輪の場合は
原付と同じ１６歳から取得できますから
普通自動車免許がなくても
取得できますよね。
なので
普通自動車免許がＡＴ限定であっても
差し支えはありませんよ。

別物だから違います。
2輪ATだから車はATしかダメなんてことも無い。
そもそもバイクと車は操作が違うからその縛りは無いですし、逆にATしかないからバイクMT無理でもないしMTあるからバイクMTが簡単なわけでもありません。
だってクラッチも車は足だけどバイクは左手で操作だし、シフトチェンジも車は左手だけどバイクは左足。
ブレーキは右足側にあるけど後輪用なので右手に前輪ブレーキがある。。。
ほら、こんがらがってきたでしょ。
それを勉強するための教習所ですから、気にせずやって来てください。

自動二輪と自動車の免許は別の存在です。普通自動車免許がAT限定つきのままだから、普通自動二輪免許をAT限定なしで受験できない、なんてことはありません。そのまま指定教習所で、普通二輪のAT限定なしのコースを取ればいいでしょう。
ただし、普通二輪免許をAT限定なしで取得しても、普通自動車免許のAT限定はついたままです。

二輪免許は普通自動車とは別物です。
新たに受ける必要があります。
自動車学校では学科がかなり免除されます。