熊本で普通自動車の免許を取るのですが、普通自動二輪の免許を持ってい

熊本で普通自動車の免許を取るのですが、普通自動二輪の免許を持っている場合、学科試験は免除となるのでしょうか。
（自動車学校は卒業しています。）

ええ、学科試験免除です。教習所でもそう説明されたと思いますが…。
ただ、多くの人が勘違いをしていますが、免除になるのは学科試験だけです。指定教習所の卒業で技能試験も免除になることで「試験が無い」と言う人がいますが、運転免許試験は「適性・学科・技能」の3つで、適性試験はどの場合も免除にならないので、運転免許試験場で、試験手数料を支払い、試験を受ける必要があります。手続きも、試験と交付の二段階に分かれます。

二輪の学科試験の時に、『共通』って書いてなかったですか？

普通二輪免許・大型二輪免許・普通免許・準中型免許・中型免許・大型免許・
大型特殊免許・牽引免許の第一種免許の学科試験は共通なので問題は同じです。
尚、上記何れか1つの免許を取得していれば、
他の免許取得時には、仮免含め学科試験は免除です。

教習所でも学科の授業ほぼ無かったでしょ？