初心運転者講習についてです。 - 現在19才で17才普通二輪免許一年経つ前に

初心運転者講習についてです。
現在19才で
17才 普通二輪免許
一年経つ前に2ケツで2点つけられる
18才普通免許(AT)
18才大型二輪免許
という流れであと1点で初心者講習になった状態で二つの免許(普通免許と大型二輪免許)を取ったのですがこの場合はどの種類の車(4輪者、二輪車)を運転して違反をしても合計3点で初心運転車講習になるのでしょうか？

この流れだと、大型二輪の取得の時点で普通二輪の初心者期間は「無事に」終わっているので、普通二輪の初心者講習には呼ばれません。今は、普通自動車と大型二輪が、それぞれの取得から1年間の初心者期間中です。
初心運転者制度は種類別ですので、初心者期間にない車両での違反は数えません。ただし、停止や取消の処分の基準となる累積点数は種類に関係なく通算します。

普通二輪は初心者期間終了で
免許取得後一年未満である普通免許と大型二輪免許がそれぞれ
初心者期間です。
尚、それぞれ3点ずつ違反すると漏れなく、免停となります。