先月船舶免許を取得したのですが、自動車と異なり卒業証明書とかないの

先月船舶免許を取得したのですが、自動車と異なり卒業証明書とかないのですね。

運転免許の場合は、教習所卒業後に自身で手続きをして、学科試験を受ける必要がありますが、船舶の場合は、すべて教習所で、手続きを代行してくれるのです。
そのため、修了試験の合格証や卒業証明書は、免許申請のため提出してしまうので、自分の手元には来ません。

小型船舶免許の場合には国土交通省に申請しないと免許証はもらえません。
国家試験もしくはJEISなど国家試験免除で取得した場合に国土交通省の申請を代理で行う申し込みをしましたか？
案内はあったはずです。
代理申請を申し込んでいるなら後日免許証が郵送されてきます。
してなければ関係機関に問い合わせてください。

ちゃんと、入校（入学）手続きしましたでしょうか？
入学しないと、卒業は無いのでは無いでしょうか？
近くの教習所では受講申し込みを受け付けていますが、入学、卒業制度は行っていないようです。
海技大学校等にて1年、2年、3年と勉強される人は、ちゃんと卒業証明書を貰うようですよ。

言われて見れば、貰って無いです。