今週末に中型自動車の免許を取り、再来週に大特を取りますが、この場合免許セ

今週末に中型自動車の免許を取り、再来週に大特を取りますが、この場合免許センターには都度行くのか、大特卒業後に行くべきか、詳しい方教えてください。

一緒に申請すると、交付手数料が¥2050 +¥200です
都度申請すると交付手数料は都度
¥2050です。
中型だけ併記した免許証を記念に欲しい場合、又は1日でも早く中型免許は必要
という場合は別々でもいいですが、それ以外にメリットはないでしょう。
(古い免許証が欲しい場合は、新しい免許証をもらう時に申し出ないともらえません。通常「欲しい人は申し出てください」と言う案内はありません)

急ぎでなければ大特卒業してからでいいんじゃない。一回で済むし料金も安くなる。

別個に行くと、その都度「免許交付手数料」(2050円かな？)がかかります。
しかし、2免種をまとめておこなうと、2050円＋1免種あたり数百円(具体的な金額は失念しました)だけで済みますから、お安くなります。