運転免許の更新にいくと、古いやつをパンチ穴あけて戻ってきますが、あれは内

運転免許の更新にいくと、古いやつをパンチ穴あけて戻ってきますが、あれは内蔵されてるICチップを破壊してるのでしょうか？

それは関係ないと思います。
その時点で新しい免許証を交付されて古い免許証は無効になっています。
ところが、見た目だけでは無効かどうかはわからないのでパンチ穴を開けるのです。