免許証を取ろうと思っています。 - 海外に興味があるので外国に行

免許証を取ろうと思っています。
海外に興味があるので外国に行った時にもし運転する機会があればしたいとも思っているのですがAT限定の免許証だと不便になることはありますか？

免許上の不利はありません。日本の運転免許証のAT限定の条件は、記号ではなく文章で記載されるので、日本語が読める係官でないとAT限定かどうかの判別ができません。そして、交通条約に基づき発行される国際運転免許証(IDP)には、AT限定を識別できる情報は記載されません。たいてい、AT限定つきの免許のままでも、外国でMT車を合法的に運転できます。
もっとも、欧州のようなMT車が当たり前に存在する国だと、レンタカーがMT車で、免許はともかく実際には運転できなくて困る、と言うケースが出るかも知れません。でもそれは、予約なしにホテルに行って満室だった、と言うのと同じで、不便なのではなく、準備不足の問題です。
なお、IDPではなく、中長期の滞在で外国免許に切り替える場合は、日本のAT限定免許からだと、その国の免許でもAT限定が付くことが多いようですね。

選択肢は狭まるでしょうね。ATだと料金も若干高めなところが多いです。

海外でレンタカーを借りようとしたらMT車しか無かったというケースが考えられます。

国際免許にはAT限定の記載はありませんので、出来るだけ海外ではATに乗るようにして下さい。