原付免許、普通自動車免許の順番で免許を取得いたしました、この度中型自動2輪

原付免許、普通自動車免許の順番で免許を取得いたしました、この度中型自動2輪の AT を取得しようと思っております、この場合50cc 原動付自転車もミッション車が乗れなくなってしまうんでしょうか。

普通二輪免許のAT限定を取得しても、原付ならMTも乗れます。
50㏄以下の原付はバイクとは言っても、法律上は自転車などと同じ扱いだからです。
ただし、50㏄以上の排気量のバイク(125㏄など)のMTには乗れません。
なぜなら50㏄以上400㏄以下の排気量のバイクは、道路交通法上は全て「普通二輪」として扱われて、普通二輪AT限定免許の範囲に入るからです。

大丈夫です。乗れます。

原付には関係無いので大丈夫です。

乗れますよ。｡

原付にATMTの区別は無いので、乗れますよ