「普通免許で小型特殊自動車や原動機付自転車を運転することができ

「普通免許で小型特殊自動車や原動機付自転車を運転することができる」
とありますが、今私はAT車の免許を取ろうとしているのですが、それ（AT車の運転免許）を取ったからと言ってこの２つが乗れる訳ではありませんよね？別でこの２つの免許を取らなきゃいけませんよね？

あなたは「乗れない」カモ知れませんが、
資格として「運転できる」という意味です。
普通免許を持っていると、資格として小特・原付も
すでに運転できるため、改めて取る必要もないんです。

小型特殊も原付も学科試験のみ(講習はありますが、それで落ちる事はありません)取れる免許です。
普通免許(含むAT限定)の学科試験は原付や小型特殊より難しい試験です。
なので普通免許(含むAT限定)で原付、小型特殊を運転できるのです。
ちなみに、普通免許(含むAT限定)を取得すると、原付も小型特殊も既に運転可能なので、後から追加で取得することはできません。

普通免許（AT限定）を取れば、
原付、小型特殊を運転できます。
ですから、普通免許（AT限定）を取得後に原付免許、小型特殊免許を取得する事はできません。
道路交通法第８５条第２項
https://elaws.e-gov.go.jp/document?lawid=335AC0000000105#Mp-At_85

原付や小型特殊にはオートマやミッションによる条件はないので関係なく排気量で５０CC以下となってるので必要ありません。AT車の免許はなく運転の条件等にオートマチック車両に限るとなってるだけなので気にしなくていいです。教習所によっては原付の講習を任意で受けられるところもあります。ぜひ受けてください

AT限定でも、小特も原付も運転できます。
小特も原付も学科試験のみですから、技能は関係ありません。