令和3年3月に原付の免許を取り6月に原付で一時停止で2点、その後令和3年

令和3年3月に原付の免許を取り6月に原付で一時停止で2点、その後令和3年9月に普通免許をとりました。
そして3月に原付でスピード違反で1点でした。
原付免許取得かギリギリ1年経っていないのですが、
普通免許を取得していたら初心者講習は受けないといけないのでしょうか？

いいえ。質問者さんの原付の初心者期間は、途中の普通自動車免許の取得時に「無事に終了」しているので、今後に原付の初心者講習の呼び出しはありません。

受けないといけなくありません。