神奈川県で普通自動車免許を取るつもりで学科試験まで合格しましたが、やはり

神奈川県で普通自動車免許を取るつもりで学科試験まで合格しましたが、やはり原付免許で十分ということで、原付免許を取ることにしました。
この場合、原付の学科試験からやり直しでしょうか?

あぁ、とりあえずちゃんと勉強してから考えて・・・

ん？
学科って本試験の事だよね？
技能の方は合格してるの？？？
将来的に車の免許は必要じゃないの？
車の免許取っておけば原付にも乗れるから
わざわざ原付の免許取る必要ないと思うけどねぇ…

やり直し。

指定教習所の卒業生なら、学科試験に合格してしまったらそのまま交付申請に流れてしまいますから、それを保留して原付免許を受ける時間的余裕はないですよね？。なので、既に普通自動車免許が手元にあるが、やはり原付でいいから原付に「降格」したい、と言う事でしょうか？。
それであれば、何故そこまでしたいのか理解できませんが、わざわざ原付免許の取り直しはせずとも、申請取消と言う手続き、いわゆる「部分返納」の手続きを使って、普通自動車免許を返納して原付免許に「降格」すれば、目的は達成できます。
なお、普通自動車免許を所持している人は、それで原付を運転できるので、改めて原付免許を受験することはできません。試験を申請しても拒否されます。
それとも、指定教習所に通わず一般試験で学科試験まで合格したが、やはり普通自動車免許は要らないから今からでも原付免許を受け直したい、と言う意味ですか？。
であれば、何も気にせず原付免許を受け直せばいい話で、普通自動車免許の学科試験の合格証は放置しておけばよく、6ヵ月の経過で無効になります。ただし、既に普通自動車で学科試験に合格していても、原付の学科試験の免除はありませんから、原付免許の試験は最初から受ける必要があります。神奈川では予約制が取られていますね。

当然です。