免許証を紛失したので最寄りの警察署に遺失物届けを出し、免許証

免許証を紛失したので最寄りの警察署に遺失物届けを出し、免許証再発行申請書をもらいましたが、警察署から免許証が届いたとの連絡がきました。
今後、どのような処置をしたら良いでしょうか？
再発行はまだ行っていません。

紛失した免許証が警察署に届けられた、まだ再交付申請はしていない、と言う事であれば、まずは再交付をする必要がなくなったので、そのまま警察署に連絡をしましょう。再交付申請をしてしまうと、見つかった免許証は無効になってしまいます(免許証番号が変わってしまいます)。
届けられるまでの経緯によっては、紛失してから警察に届けられるまでの間に、その免許証で何かの悪用がされている可能性はありますが、紛失届がきちんと出ているなら、それ以後の事については法的に対抗できます。あまり深刻に考える必要はないでしょう。
一応念のため、役場に出向いて自分が誰かと結婚させられていないか、どこかに転居させられていないかを確認し、また金融機関などに、住所や印鑑が変えられていないか、通帳が勝手に再発行されていないかを確認しておきましょう。ただし、借金を防止するための信用情報機関への登録は、既に免許証が戻ってきている滋養教では大して気にする必要はないと思います。今時は免許証だけでは借金などできませんしね。

遺失物届・身分証明書(免許証以外の物)・印鑑を持って連絡があった警察署の会計課にもらいに行って下さい。

警察署に届いた免許証は紛失した免許証でしょうか？
もしそうならそのまま警察署に見つかった免許証を受け取りにいけば
良いだけ但し自動車を運転して行っては駄目です。
もらった再発行申請書の処置は警察署の指示に従う。

再発行の手続きをしていないのなら、届いた免許証を取りに行けばいいだけです。