船舶免許の更新について質問です。失効更新をしたいのですが、申し込むと

船舶免許の更新について質問です。失効更新をしたいのですが、申し込むところによって13500円から20000円ぐらいまで金額に差があります。一番安いところの中里海事事務所でも特に問題ないのでしょうか？
金額の違いは何なのかも教えていただきたいです。お願いします。

問題ありません。
講習費用、免許費用は、同じです。
金額の差は、代行手数料の差です。
代行手数料とは、必要経費と利益です。
JMRAに、直接講習を申し込み、運輸局に、直接免許申請をすれば、最安です。

特には、ちゃんと手続きしてくれる所であれば、どこでも問題ありません。
金額の違いは各手数料の違いです。
現在お持ちの資格は1級、2級、特殊どれかだと思いますが、他の資格を取ると新しく取得した資格ぶんグレードアップして復活します。
現在2級小型だとして1級小型にする進級コースを受講すると、私がお世話になった教習所では47600円で1級小型で復活します。
もし、失効再交付講習が２００００円かかるなら２７６００円の差額で1級小型として復活するので、お得感があります。
20000円で2級のままか、47600円で1級にするのか？
といった事も考えていいと思います。
現在1級で特殊小型を取得する、現在特殊小型で2級や1級を取得する場合も失効再交付講習受講料分は節約出来る事になりそうです。
ただ、進級コースは2日位の学科教習を受けて修了審査に合格しなくてはいけません。失効再交付講習は座って話を聞いておくだけで、殆どの場合はOKですけどね。