運転免許証の記載事項変更しても新規発行した時からの本籍・住所履歴

運転免許証の記載事項変更しても新規発行した時からの本籍・住所履歴残っていますか？
職務質問などで無線照会されてもわかりますか？

本籍はICチップの中に情報が入ってるので、職質の照会だけでは分かりません。
ただ、12桁の免許番号の最初の2桁で初回取得時の都道府県が何処かは分かり、3~4桁目で取得年が分かります。

免許証の記載事項変更は、裏面に変更情報を追記し、警察のデータベースを更新するだけで、免許証内部のICチップの格納情報までは書き換えません。
変更前の本籍や住所は、警察の管理する免許データベースには残っているでしょうが、警察官の持つ照会端末で呼び出せるのは最新の情報だけでしょう。犯罪の捜査目的なら別ですが、変更前の過去の情報を、交通違反の取り締まり現場の警察官が知る必要はないですからね。
それでも、わざわざ警察官が無線で「照会をする」なら、それはもはや犯罪捜査で、質問者さんに交通違反以外の犯罪の疑いがかかっている、ってことでしょう。その場合は、その犯罪容疑に応じた捜査情報が返ってくると思いますよ。