免許センターの本免試験に合格した後の写真撮影は事前に申請書に貼っている人は免

免許センターの本免試験に合格した後の写真撮影は事前に申請書に貼っている人は免除されるのですか？

別に撮影をします。
お書きの通り申請用の写真であり、
免許証用の写真ではないので。
一部地域では免許証用の写真持ち込み可能です。

もし、持ち込んだ写真を取り込んでから免許の顔写真にするなら手間が非常にかかるよね？
試験場のカメラで撮って、そのまま取り込んで免許にコピペするから数時間で数十人分の免許証が即日交付される。

免許証の写真は別途撮りますよ素早く
余裕が無いので気を付けましょう。

いいえ。
免許センターはその場で撮影するのが基本。
もし免許の更新で即日交付じゃない場合は、
最寄りの警察署で手続きをすれば自前で用意した写真が使えます。