普通免許について詳しい方に質問です - 昨年の4月に普通免許を取得し、9

普通免許について詳しい方に質問です
昨年の4月に普通免許を取得し、9月に準中型の免許を取りに行き、卒検まで合格した状態で本免学科試験をまだ受けてない状態で普通車を乗っていたのですが、累計違反点数が3点を超え、初心者講習の対象になってしまったのですが、行かずにそのまま放置して準中型の本免学科受けて受かれば問題ないのでしょうか？
初心者講習受けなければ準中型の本免学科受ける資格も無くなりますか？
回答よろしくお願いします。

本免学科？。質問者さんは既に普通自動車免許があるのですから、準中型の本免許試験は適性試験だけで、学科試験はありませんよ。
普通自動車の初心者講習を受けなかったからと言って、他の種類の免許の受験ができなくなることはありません。
質問者さんは現在まだ普通自動車の初心者期間中なので、3点の違反累積で普通自動車の初心者講習に呼ばれる立場です。ただ、準中型の併記を済ませてしまえば、それで普通自動車の初心者期間は無事に終わるので、まだ呼ばれていないなら初心者講習の通知が来ることはなくなりますし、既に講習に呼ばれていていても不受講で再試験になることはありません。
注意点として、普通自動車の初心者期間は準中型免許の併記で自動的に終わりますが、普通自動車を運転する時の初心者マークの掲示義務は、変わらず残っていますので、普通自動車免許の取得から1年間はマークを掲示しなくてはなりません。それと、初心運転者制度は種類別で、準中型の併記から1年間は準中型の初心者期間になり、準中型車を運転する時に初心者マークの掲示が必要です。

そもそも学科試験はないので、免許センターで適性試験に合格すれば免許交付されます。
そして、準中型免許を取得すれば普通自動車免許の初心者期間は無事に終了したとみなされますので、普通免許の取り消しが決まるまでに取得すれば問題ありません。