普通自動二輪免許を持っていて、初回の免許更新も済んでいるのですが、この状態で車

普通自動二輪免許を持っていて、初回の免許更新も済んでいるのですが、この状態で車の免許を取得したらまた初心者期間になり点数は3点に減ってしまうのでしょうか。
また、ゴールドになる期間も二輪免許は関係なく、車の免許を取得してからの年数になるのでしょうか。

多々誤解があるようです。
＞初心者期間になり点数は3点に減って
点数は、減点方式ではなく、違反時の加点です。
初心者講習になる場合は、
免許(限定解除を除く)を取得してから累積3点以上、
1回の違反で4点以上で適用となります。
又、金免許は、更新時から遡って、
5年と40日以上、併記時から遡って5年以上の
無事故無違反であれば適用です。

初心運転者期間の3点は。取得した免許の区分に該当する車両に乗っている際にのみ適用されます。この場合だとバイクに乗っている時には大丈夫ですが、車に乗っている時だけ初心運転者期間になります。なので、バイクに乗っていて違反をしたとしても車の初心運転者期間の3点には影響はありません。
ゴールド免許についてですが、自二の免許を取得されていて、免許更新が終わっているとの事なので、3年は経っていて、あと少しでゴールド免許だと思いますが、今免許を追加してしまうと、その新しい免許証の免許更新の日付にまで伸びてしまいます。3年は伸びますね。