車の運転免許を3年前に、普通二輪の免許を今年5月に取りました。普通二輪の免許

車の運転免許を3年前に、普通二輪の免許を今年5月に取りました。
普通二輪の免許を交付される時に、「減点があるため免許更新日は変更なし」と言われました。
しかし、車の免許を取ってから今まで、一度も警察に止められたことがありません。
警察に止められることなく、違反で減点されることってあるのでしょうか。

初回の免許更新後、1年以内に2輪免許を取得したのかな、とすると免許取得から5年たって無いので、ゴールドの5年更新にならないから、更新日に変更なしなので、新しい免許証を交付する人が、違反があったからゴールドじゃ無いと、勘違いしただけと思います。
（申請書類に免許証のコピーがあった記憶があります）

違反の覚えがないのに減点とは、？？？ですよね。
解消する為にも運転記録証明書を確認してみては如何でしょう。
過去5年間の履歴が確認できます。
急ぐなら免許センター、急がないのであれば
管轄の警察署で申請可能ですよ。
https://www.jsdc.or.jp/certificate/tabid/110/Default.aspx

ないと思います。