現有免許が１種が準中型（5トン限定解除済み）中型2種（条件、中二で運転で

現有免許が１種が準中型（5トン限定解除済み）中型2種（条件、中二で運転できる中型車はなく、旅客車は準中型5トンと普通車に限る。準中型車5トンと普通車はAT車に限る。）
とかかれてるのですが、中型一種を取るのに教習所いったらややこしい免許で取れないといわれました。
どうにか取れる方法はないでしょうか？

「ややこしい免許で取れないといわれました」
そんな頭のおかしい教習所は利用しないようにしましょう。単純に準中型持ちからの中型取得に過ぎず、全く「ややこしい」要素はありません。
たぶん、既に中型二種を限定付きでも持っているので、下位の中型一種は受けられない、と単純に解釈したんじゃないですかね。

準中にAT限定はありませんので、質問者さんは普通、準中型についてはAT限定は外れています。
ややこしい免許で取れないのではなく、その教習所が中型二種の指定を受けてない故の言い訳。
準中型に二種がない以上、普通二種の指導員でも質問者さんの教習、検定には従事できないのです。
中型二種の指定を受けている教習所にて中型二種の免許を取得すればすべて解決しますよ。
もちろん大型（一種二種どちらでも）を取得しても同様です。

あなたは、中型二種については条件付きだが
一種に関しては、既に取得済みとみなされるのでは
ありませんか？
なので、旅客車以外の
総重量11ｔ未満
積載量6.5ｔ未満
定員29人以下は運転できるのではありませんか？
だから取得できない。

限定付きではありますが、中型二種を持っているのでそれより下位の中型一種は取れません。
中型二種の限定解除をするか、大型一種又は二種を取れば中型車に乗れます。

これは「ややこしい」から取れないのではない。
貴方は既に(中型車を運転できない限定条件とはいえ)中型二種免許を持っているので、中型車を運転したかったら中型二種免許の限定を解除する他に無い。
(或いは大型一種免許or大型二種免許を取得する方法もあるが、ここでは割愛する。)
中型のバスを擁している教習所にて練習して卒業するか、試験場にて一発審査を受けて合格し、ほんまもんの中型二種免許にする方法に依らざるを得ない。