現在カナダに在住しております。日本の免許をカナダの免許に変え

現在カナダに在住しております。
日本の免許をカナダの免許に変えました。
（同時に持つことは許されないようで日本の免許は没収されました。）
その間日本の免許は失効しました。
カナダの免許は有効期限が残っています。
この場合、日本に帰ったときにカナダの免許をもとに、日本の免許に書き換えられるのでしょうか？

すでに失効から3年が過ぎているなら、失効再取得の手続きできないので、最初から取り直すしかありませんが、その場合にカナダの免許を元にした外国免許の切り替え手続きを取ることは可能です。その大元が日本の免許から切り替えたものであるかどうかは関係ありません。

カナダですと外免切り替えが無試験で可能ですが、新規取得になるので以前に撮られた普通免許（現在では中型（8t限定））ではなく現在の免許に準拠になります。
東京都の例
https://www.keishicho.metro.tokyo.lg.jp/menkyo/menkyo/kokugai/kokugai05.html
神奈川県の例
https://www.police.pref.kanagawa.jp/mes/mes83046.htm
日本で免許証紛失で再発行すれば簡単に復帰できたんですけどねぇ