昨日、大型二輪の卒検に合格しました。普通二輪免許を取ってまだ一

昨日、大型二輪の卒検に合格しました。普通二輪免許を取ってまだ一年経っていないけど、免許センターで免許の書き換えをしたら普通二輪の初心運転期間は終わって、新しく大型二輪の初心運転期間が始まるんですよね？

その通りの認識で構いません。上位免許の取得により、下位免許の初心運転者期間は、1年が経過していなくても終わります。
ただし、二人乗り禁止規制は、最初の普通二輪の取得の時点からの経過年数なので、大型二輪を取得したから開示よされる、と言うものではありません。
普通自動車と普通二輪を読み間違えている回答者が居ますね。

ポッキーさんの回答が間違ってて、
上位免許の取得なので
貴方の認識が合っています。

それぞれに設定されていますので、二重に初心運転者期間があります。
二輪の初心運転者期間が終わって、普通自動車免許を取れば、二輪で違反しても初心運転者講習はありませんが、普通自動車で違反した場合は、初心運転者講習の対象になります。
それぞれ免許に対応した車種での違反が対象です。