普通二輪免許取得後一年は2人乗り禁止ですが、一年経ってから大型二輪免許を取得し

普通二輪免許取得後一年は2人乗り禁止ですが、一年経ってから大型二輪免許を取得したら、今度は大型二輪での2人乗り禁止期間が始まるんですか？

いいえ、小型限定も含めて「自動二輪免許」を初めて取得した日からカウントです。

いいえ。通算だから大丈夫。