二種免許が必要なのに、緑(事業)ナンバーが不要になるケースは、代行運転以外に

二種免許が必要なのに、緑(事業)ナンバーが不要になるケースは、代行運転以外にあり得ますか？
逆のケース(二種免許：不要、緑ナンバー：必要)なら、いくつか思い付きますが。

有償旅客運送業であるにも関わらず、制度上、有償旅客運送事業の許可が降りないケースですね。自治体が運営するコミュニティバスなどが該当します。
有償旅客運送であるにも関わらず「自家用自動車有償運送事業許可」を得て自家用の白ナンバー車を使用する場合もありますが、この場合は二種免許は必要ではありません。

コミュニティバスが考えられる
この場合二種免許が基本ですけど一種免許でも
大臣認定講習をうければ一種免許でも出来ます。
https://wwwtb.mlit.go.jp/chugoku/jidousha/yuushou.html