運転免許の〇〇トン限定とある時の運転できる車両総重量は車検証記載されています

運転免許の〇〇トン限定とある時の運転できる車両総重量は車検証記載されていますが
車検証に「2900[3000]」みたいに[〇〇]と書いてある場合は、括弧の中と外のどちらを参照にすれば良いでしょうか?

数字の大きい方です。
仮に、準中型（5トン）免許で
車検証に記載されている「車両総重量」の欄に
4800（5000）と記載されている場合は
5000kgが判定となるので、運転出来ません。

50年運転してるおっさん

それは最大積載量の話では？。貨物車では、補助座席を使うか使わないかで最大積載量が変わるものがありますが、それは補助座席に座る人間の分だけ最大積載量が減らされるからで、総重量は変わりませんよ。
複数の数詞゛がある場合は、大きなほうで判断します。

通常は大きい方を見ると思いますが…
もっとも、それで運転可能な免許区分が変わるほどのケースは殆んどありませんけどね。

例えば
乗車定員：2〔5〕人 最大積載量：1000〔850〕㎏ 車両総重量：3180〔3195〕㎏
の場合
後ろのシートを倒して荷室として使えば乗車定員２人、最大積載量1000キロ、総重量3180キロになります
カッコ内はシートを倒さなかった場合です

使用状況に応じてだからどちらとも言えませんが、分からない場合安全を見て数字の少ない方にしましょう。

状態によって総重量が変わるということです。
よくあるのがバンタイプの車で後席を使うと定員が増えて積載量が減る。後席を畳んで荷室にすると定員が減って積載量が増える。
それに伴って総重量も変化するということです。その時の状態でどちらを使うか判別する必要があります。