免許とったときはメガネありで登録してたのですが、いまコンタクトで運転

免許とったときはメガネありで登録してたのですが、
いまコンタクトで運転したら警察とかに止められた時に、何か言われますか？

コンタクトで大丈夫です。
免許に記載された「眼鏡等」とは、眼鏡やコンタクトで視力を矯正するのなら車を運転しても良いですよ？という条件です。
そのため眼鏡やコンタクトをかけずに運転すると、違反点数2点・反則金7,000円になります。
運転する時に眼鏡やコンタクトをつけていれば良いだけなので、実は必ずしも写真撮影には眼鏡やコンタクトをつける必要はありません。ただ、職質や免許証確認などで変な疑いをかけられたりイチャモンをつけられる恐れはありますので、なるべくなら眼鏡を掛けた方がよいとは個人的には思います。
コンタクトをする可能性の方が高ければ更新時にコンタクト着用で写真撮影をした方がよいのではないかと思います。