運転免許で、メガネつける設定にしてしまったらメガネはつけないと乗れませんか

運転免許で、メガネつける設定にしてしまったらメガネはつけないと乗れませんか？

はい、法律上はそうなります。
メガネをかけずに対象車両の運転をすると「運転条件違反」になります。

矯正していれば良いので、コンタクトでも問題ないです。

コンタクトでも良いよ。
運転中は視力が規定値以上になる(であろう)矯正器具を装着する。
「手術受けたり体調が良くなったりで、視力がグンと良くなったんですが」
その場合、眼鏡等の条件を消す。
いつでも可能だが、更新時に視力検査があるので裸眼でトライして消すのも良いかも。
検査は何度か受けさせてもらえるので、裸眼でダメだった場合に備えてメガネ等も持っていけば段取りよく進む。

そのとおりです。
ただし、眼鏡等（原付車・小特車を除く）なら原付車・小特車は眼鏡不要ですし、眼鏡等（中型車に限る）なら普通車は眼鏡不要です。
単に眼鏡等なら全車種免許必要です。

もちろん