マフラーに溶接されているコーションプレートが外れてしまったのですが、溶接

マフラーに溶接されているコーションプレートが外れてしまったのですが、溶接ではなく強固なGM8300のようなパテで取り付けるのは車検時にNGでしょうか？

リベットが良いのでは？
車検の時に問題になるのはあなたの車の年式次第です。
マフラーは法改正で面倒ですね。

それは型番とかメーカー表示ですか。だとしたら後加工はNGの可能性が高い。
平成20年以前のくるまなら問題ないがそれ以降だとメーカー不明のものはすべて不正改造として扱われ目視だけでNGとなることがある。
純正でさえメーカー名表示が腐蝕などで判読不明になったら同じく不正改造とされてNGです。
溶接してもそれが元々のプレートだと認めてくれれば良いが。拾ってきたプレートを張り付けたニコイチだろなど疑われたらそれまでよ。