免許を取得できない病気を持っている方が免許を取得して、病気以外のなんらかの理由

免許を取得できない病気を持っている方が免許を取得して、病気以外のなんらかの理由で事故を起こしてしまった時は持病の事はバレないんですか？

状況によるので、全てに当てはめることはできませんが。
バレないこともあるでしょう。
免許取得時点でバレていない訳ですから。
しかし、死亡事故でも起こし発覚したのなら、
殺人罪と同等の刑罰である、
危険運転致死傷害罪が適応される可能性があります。
自動車保険に入っていても、自動車保険会社は、支払いを拒否します。
契約時に虚偽申告をして契約していますので。