125c免許取れました。卒業証明書を持って明石免許更新センター行くように

125c免許取れました。卒業証明書を持って明石免許更新センター行くように言われたのですがインターネットで検索しても何時から何時までと出てきません。免許更新時間とは違いますよね？
普通自動車免許は持ってます

「明石免許更新センター行くように言われた」
聞き間違いですね。兵庫県の明石更新センターは、更新手続き専用です。免許の新規・併記の取得は、明石運転免許試験場に行く必要があります。隣り合わせにありますが、別の施設です。
「何時から何時までと出てきません」
探し方が悪いのでしょう。あるいは「更新センター」で探しているので適切な案内がヒットしないのでしょう。下記を参照です。
質問者さんは、既に普通自動車免許があるので学科試験は免除になり、指定教習所を卒業したので技能試験も免除です。受けるのは適性試験のみになるので、下記の説明の「１．教習所を卒業し、適性試験を受験する方法」に該当します。明石の試験場では平日の 8:30～9:20 が受付時間です。
兵庫県警 運転免許 自動二輪（普通・大型）免許受験
https://www.police.pref.hyogo.lg.jp/traffic/license/acq/jidou2/index.htm

そういったのは本来、教習所の方からも話があったはずだと思うのですが…。
通っていた教習所か明石の免許センターに電話して聞いた方が良いです。

8:30〜9:20
免許取得→自動二輪(普通・大型)免許受験→教習所を卒業し、適性試験を受験する方法を参照。
https://www.police.pref.hyogo.lg.jp/traffic/license/acq/jidou2/index.htm
125ccの免許は普通自動二輪免許に小型限定が付いたものなので免許の種類としては普通自動二輪免許になる。

更新ではなく、免許取得で検索して学科免除の人の項目参照

電話して聞くのが一番。