普通二輪車免許で免許センターで受ける学科試験は普通免許と同じ問題ですか？

普通二輪車免許で免許センターで受ける学科試験は普通免許と同じ問題ですか？

ええ。受験するのが普通二輪か普通自動車かは、特に区別されず、同じ部屋で同じ試験を受ける事になるでしょう。
ただし、同じ部屋に居るからと言って、同じ問題用紙を解いているとは限りません。カンニング対策として、列ごとに問題を差し替えたり、複数の問題用紙をランダムに配布したりするようですからね。

区分および出題範囲的には同じ
なお、gogocbf125さんの回答にあるように不正防止の観点から周囲の者が全く同一の問題を解いてるとは限らない。

学科試験は普通車も二輪も共通なので出題範囲は同じですが、問題はそのときによって異なります。