普通免許で教習所を卒業したんですけど普通二輪の免許も取る予定です

普通免許で教習所を卒業したんですけど普通二輪の免許も取る予定です。また入学金って払わなくちゃいけないんですかね？

その教習所による。

教習所毎のルールによるので分からないけど
卒業から期間が短ければ入所金は、不要だと思う。
小生は、普免から普自二まで25年のブランクがあったので
無理だったけど。

同じ教習所なら、入学金の減免などが普通です。
ただし、普通免許での入校（適性検査）から１年以内とか、それぞれに条件はあるはずです。
系列でもない、別の教習所に普自二で入校されるとしたら、普通免許を別のところで取得してきているわけだから、知ったことではなく、入学金も減免にはならないでしょう。