オートマの免許を持っていて、ミッションの免許を取りに行ったら免許証の

オートマの免許を持っていて、ミッションの免許を取りに行ったら免許証の写真って撮り直しますか？

撮り直しはありません。
撮り直したい場合は、写真を変更したいという理由が認められる都道府県の免許センターなら出来ます。（有料）
まだ、その理由での再交付を認めていない所もあるようです。
限定解除ではなく、別の免許を取得した場合の併記なら｢有効期限が変わるため｣新しい免許が交付されます。
限定解除は有効期限が変わらないので、免許証本体はそのままって事ですね。

原則として、免許証は新しくせず裏面に限定解除の記載がされるのみ
但し、申し出あれば有料で「限定解除と同時の再発行」は可能、写真も撮り直して新たな免許証が交付される。

ミッションって言うのは止めようね。色々突っ込まれるよ。
若い奴ってなぜかミッションって言うんだよな～。
最初っからマニュアルで取ってれば取り直しは無い。

撮り直しません。

撮り直さないし免許もそのままです。
免許の裏に判子押されるだけ。