免許証の点数についてお聞きしたいです。2017年8月15日に

免許証の点数についてお聞きしたいです。
2017年8月15日に免許を取得し、2019年6月30日に信号無視で2点加算されました。
事故で4〜5点加算された場合
上の2点に追加されるのでしょうか？
上記の違反をしてから1年以上無事故・無違反だったのでリセットされているのでしょうか？

その「事故で4～5点加算」は、いつの事故なのですか？。「上記の違反をしてから1年以上無事故・無違反だった」とあるので、2020年6月30日以降のことではないかと思いますが…。
2019年6月30日の違反は、免許歴2年に満たない状態で犯しているので、3か月ルールの適用がなく、1年間の無違反が達成される2020年7月1日になるまで2点として計上されます。
なので「事故で4～5点」の事故が2020年6月30日以前であれば、2点がある状態で点数が加算されますし、2020年7月1日以降であれば、2点が無い状態で加算されます。

つまり、その事故が2020年7月1日以降と言うことですよね。
それならその2点は計算に含めない特例が適用されます。
（違反をした事実が消えるわけではありませんが）