普通二輪免許を取るときに普通自動車免許のATかMTかで免除される

普通二輪免許を取るときに普通自動車免許のATかMTかで免除される額は違いますか？

いえ、どちらにしても学科26のうち25が、技能最短19が17に免除され、多くの教習所で６～７万円安くなります。
なお、普通免許がAT限定だとしてもバイクのギアチェンジは簡単です。数時間、なれるのに時間はかかりますが、それだけで補習がつくということもないでしょう。
楽しんで、課題をこなし、取得してください。

免許の限定有無に関係なく、普通二輪免許・大型二輪免許・普通免許・
準中型免許・中型免許・大型免許・大型特殊免許・牽引免許の
第一種免許の学科試験は共通なので問題及び授業は、同じなのです。
従って、その範囲から出題されますし、上記何れか1つの免許を
取得していれば、他の免許取得時には、
仮免含め学科試験は免除なので免許センターでの試験は、
公認教習所の卒検を合格してれば技能試験も免除なので
残る試験は、適性検査のみです。

学科分が安くなるので普通免許がATだろうがMTだろうが変わりません。

変わりません