運転免許試験合格後写真撮り運転免許証取りますが紐付けされますか？今の時点では

運転免許試験合格後写真撮り運転免許証取りますが紐付けされますか？
今の時点ではマイナンバーは関係ないですか？

質問者さんが言う「紐付け」とは、何と何の情報の紐付けの話ですか？。
マイナンバーについては、警察は免許人のマイナンバーを知る立場にはありませんから、紐付けのしようがありません。マイナンバーカードに免許証の機能を持たせる、と言う話が進んでいますが、本人が希望してマイナンバーを申告していないのに、勝手に情報が紐付けされる、なんてことにはなりませんよ。