宮崎県総合自動車運転免許センターで免許更新予定です。警視庁が、

宮崎県総合自動車運転免許センターで免許更新予定です。
警視庁が、2021年から免許証写真でカラーコンタクト着用を容認しているとのことですが、地方だとまだ外させられるということはあるのでしょうか？
瞳の色や大きさが極端に変わらなければ大丈夫なのでしょうか？

警視庁は名前が特殊なだけで、実際は「東京都警察」ですから、宮崎県には関係ありません。東京がやっているから、いずれ地方も追随する、とは限りませんね。