免許取得の学科教習ですが二段階の教習は履修番号順ではなくても良いですか？

免許取得の学科教習ですが二段階の教習は履修番号順ではなくても良いですか？

問題はないです。
というのも、学科教習は学科教程数16時間の中で17項目を行うのですが、組み合わせは県によって違ってくるのと、先行学科と呼ばれる、技能に先立って行わないといけない学科以外は、受講タイミングは一切関係ないからです。

大丈夫。

学科教習は１段階の1番を除き順不同です。