免許合宿について質問です。友達と行く予定なのですが友達はAT、

免許合宿について質問です。友達と行く予定なのですが友達はAT、僕はMTの免許を取ろうと考えています。とる免許が違う場合一緒に合宿行くことは出来ないのでしょうか

出来ます。
学科はAT限定も非限定も同じですから、一緒に受けれます。
部屋も基本的に同じに出来るはずです。
まあここで聞くより、合宿を予約する時に聞くべきですね。

一緒に申し込めば、いいんじゃないでしょうか！？

別に一緒に行くのは構いませんが、履修するコースか違えば、同室にはしてくれないのが一般的です。

なんの問題もありません。
共同で何かやらないと行けないということはありません。
完全に個人の話です。
ただ、学科の一部で一緒になるかも知れない。ぐらいです。
卒業日も違います。