免許再発行の申請用の写真は3cm×2.5cmですけど、ほかのサイズのものを切っ

免許再発行の申請用の写真は3cm×2.5cmですけど、ほかのサイズのものを切って使うことはできるのでしょうか？申請用のは規制が緩いと聞いたもので...

「免許再発行の申請用の写真は3cm×2.5cmです」
3cm x 2.4cm のはずですよ。
「ほかのサイズのものを切って使うことはできるのでしょうか？」
基準内に収まれば問題ないでしょう。そもそも、各都道府県の警察が提示している写真の基準は「申請用写真」のものなので、申請用だから基準が緩い、なんてことはないですよ。
参考 福岡県警 運転免許申請用写真の基準
https://www.police.pref.fukuoka.jp/kotsu/unshi/shinseiyoushyashin.html

ピクチャン使えば200円だが・・・
https://pic-chan.net/c/

顔と頭の形、首の長さなどがわかれば出してみる余地はあります。
ダメ、といわれたら、センター内のスピード写真機で撮影されればいいかと存じます。

適性と認められたら良いのでは？
https://www.police.pref.fukuoka.jp/kotsu/unshi/shinseiyoushyashin.html

今は持込が不用ですが、別にサイズが規格内に切ってあり、映ってる内容に問題が無ければｏｋです。（顔が明朗に判別できること）

顔がサイズ内に適切にハマってれば切っても構わない。あと背景に注意。
要するに基準に外れなければ構わないという事。