免許のAT車とMT車が同じ時間に学科試験受けるとしたら、問題は共通ですか？

免許のAT車とMT車が同じ時間に学科試験受けるとしたら、
問題は共通ですか？

違いは無いと思います。

学科試験にAT・MTの違いは無いです
第1種学科試験と第2種学科試験ががるだけ・・・
その他には、原付学科試験と仮免学科試験ですね
第1種は自動2輪・普通自動車・準中型・中型・大型・特大ん免許を受ける時に使われます。
第2種は2種免許の試験です。
普通2種から大型2種など全ての2種免許用です
ただ第1種問題用紙も数種類有りますから・・・
どれをやってるかは分からないです。
教室で違うのか？列で違うのか？

AT限定の有無どころか、四輪二輪でも区別はしませんよ。
ただし、同じ教室で試験を受けている人が、同じ問題用紙を解いているとも限りません。カンニング防止のために、隣の受験生とは問題用紙が違っている、なんてこともありますからね。