証明写真機で免許証の写真を撮りましたが、今の免許証の写真と比べると

証明写真機で免許証の写真を撮りましたが、今の免許証の写真と比べると顔が小さく写ってます（原因は多分壁によしかかっているから）。
免許証用で撮っているなら問題ないですか？

申請用紙に貼るだけであれば、本人だと確認できる程度で大丈夫です。
万一、免許センターの警察官に文句を言われたら、取り直すだけです。
（まあ、そういうことはないでしょう。）