準中型免許を取りに教習所通ってて、原付免許を持ってるけど免許無しで申し込みし

準中型免許を取りに教習所通ってて、原付免許を持ってるけど免許無しで申し込みしたんですけど仮免の時やばいですか？

既にあなたのデータが登録されているのでそのままにしておくと、間違いなくトラブルになります。
教習所に申告して訂正してください。

少なくとも本免許のときにはバレるでしょう。
免許センターで照会すればあなたが原付免許を持ってることはすぐに分かると思います。
本免許受験のときは今お持ちの「原付」だけが記載された免許証を一旦返して、「原付」と新たに「準中型」が記載された免許証を受け取ることになるので原付免許がなければ受験ができないかと思います。
何も言わずに免許センターまで行ってバレるよりは教習所に自分から申告したほうが後々の手続きが面倒くさくなくて済むと思いますよ。

速やかに受付窓口に申し出て訂正を依頼して下さい。

教習所ではともかく、
運転免許センター／運転免許試験場では非常に面倒臭いことになります。
警察が持っている膨大なデータの中には
質問者さんの原付免許のデータも当然ありますので、
筆記試験を受ける際に原付免許を持って行って引き換えでないと新しい免許を交付してくれません。
持って行かないと、運転免許センター／運転免許試験場まで行ったのが無駄足になります。

原付免許は、普通免許以上の免許取得のときに規定技能時間が短くなったりはできませんが、最終的に免許センターで現有免許があると発覚すれば、原付免許を持参しないと準中型免許が加わった免許証が交付されません。
１人が２つ以上の免許証番号を保持することはできません。
仮免許のときに調べればバレルかもしれませんね。