運転免許に本籍地の情報が入っている理由はなんですか？

運転免許に本籍地の情報が入っている理由はなんですか？

現状、特別な理由はなく、ただ「過去に免許証記載事項の一つとして決めたため、今も引き続き記載事項になっている」ものですね。
そして、かつて定めた時は、特に疑問もなく、日本は本籍と住所は別管理なのだから、資格者証に本籍はあって当然だろう、程度の考え方だったのだと思います。今でこそ住民情報はオンラインで管理されていますが、昔は全部が紙台帳管理だったのですから、インデックスとなる情報は多い方がよく、省略したほうがいいという発想は出なかったでしょう。
なお、今でこそ運転免許証=代表的な本人確認手段、と言う認識がされていて、外国人を区別するのに本籍欄が必要、と言う発想が出てくるかも知れませんが、現在の運転免許制度は自動車の運転が特殊技能だった戦前から存在するもので、皆が当たり前に免許証を持っている訳ではありませんでしたから、本籍欄で国籍を識別する必要性はなく、そのために設けられたものではないでしょう。