普通自動車免許(AT限定)持ちで、普通自動二輪(MT)を受け

普通自動車免許(AT限定)持ちで、普通自動二輪(MT)を受けた場合も学科試験は免除になりますか？

はい、そのとおりです。
AT限定であろうが免許種が「普通」とあれば教習所での学科１時限の授業はありますが、事実上技能検定に合格するだけです。

お考えの通り、免除となります。

普通二輪免許・大型二輪免許・普通免許・準中型免許・中型免許・
大型免許・大型特殊免許・牽引免許の第一種免許の学科試験は
共通なので問題及び授業は、同じなのです。
従って、その範囲から出題されますし、上記何れか1つの免許を
取得していれば、他の免許取得時には、
仮免含め学科試験は免除なので免許センターでの試験は、
公認教習所の卒検を合格してれば技能試験も免除なので
残る試験は、適性検査のみです。
免許の限定有無は関係ありません。
上記の通り、学科試験はないが学科教習は1コマあります。

学科試験は免除ですが、危険予測の学科教習が１コマ受講します。

はい、AT、MT関係なく免除になります。

免除です。